Dans le but de travailler au relèvement du Clergé, "le plus grand ennemi de l'Église", selon lui, le Père Eudes ouvrit à Caen un séminaire qui fut l'embryon d'une nouvelle famille religieuse, consacrée aux Coeurs de Jésus et de Marie et appelée "Congrégation de Jésus et de Marie" (Eudistes). Le succès vint aussitôt: les diocèses de Normandie furent bientôt pourvus de prêtres instruits et vertueux. Le Père Eudes ajouta à la formation du clergé les missions dans les campagnes.
En même temps, il fondait à Caen un Institut pour assurer la persévérance des "Repenties". Selon l'usage du temps, chaque maison était indépendante; à la mort du Père Eudes, il y en avait quatre; à la veille de la Révolution, il y en avait huit. En 1835, la supérieure du Refuge d´Angers, sainte Marie-Madeleine Pelletier, femme "de taille à gouverner un royaume", obtint que les nouvelles maisons fondées par son monastère restassent sous la dépendance de la Maison-Mère et donna à sa Congrégation le nom de "Bon-Pasteur". Cette branche a eu un grand succès, et possède des ramifications dans les cinq parties du monde.
Une des gloires du Père Eudes est d'avoir été le précurseur de la dévotion aux Coeurs de Jésus et de Marie. Quarante ans avant les apparitions de Paray-le-Monial, il faisait célébrer par ses prêtres l'Office solennel de ces très saints Coeurs et s'en faisait l'Apôtre dans ses missions. Aussi Léon XIII a appelé le Père Eudes "Auteur du culte liturgique des SS. Coeurs de Jésus et de Marie"; et Pie X, en le béatifiant, a dit qu´il devait être regardé comme "Père, Docteur et Apôtre" de cette dévotion.
Dans son ouvrage "Le Royaume de Jésus" cité dans le Catéchisme de l'Église catholique au paragraphe 521, Saint Jean Eudes explique que "nous devons continuer et accomplir en nous les états et mystères de Jésus, et le prier souvent qu'il les consomme et les accomplisse en nous et en toute son Église. (...) Car le Fils de Dieu a dessein de mettre une participation, et de faire comme une extension et continuation de ses mystères en nous et en toute son Église, par les grâces qu'il veut nous communiquer, et par les effets qu'il veut opérer en nous par ces mystères. Et par ce moyen il veut les accomplir en nous" (Le Royaume de Jésus 3.4: Œuvres complètes, v. 1 [Vannes 1905], p. 310-311.)
Arrivé à un âge avancé, le saint fondateur déposa sa charge de Supérieur et mourut saintement le 19 août 1680. Il est représenté avec un ou deux coeurs brûlants dans les mains.
Au XVIIIe siècle, les Eudites combattent le jansénisme, mouvement gallican contre l'ultramontanisme et l'autorité du Pape, donc proche du protestantisme et développant en même temps un rigorisme moral excessif.
On ne peut dire trop de fois l’Ave Maria, parce qu’on ne peut trop célébrer la mémoire de ce mystère.