Cette commission, présidée par le cardinal Camillo Ruini, a été instituée par la congrégation pour la doctrine de la foi, a déclaré le Vatican dans un communiqué. Composée notamment de "cardinaux, d'évêques et d'experts", elle travaillera de manière "réservée" et présentera ses conclusions à la congrégation, a-t-il précisé.
L'évêque de Mostar, Ratko Peric, dont dépend le village, avait critiqué début janvier la visite "privée" effectuée fin décembre, du cardinal-archevêque de Vienne Christoph Schönborn, réputé proche du pape Benoît XVI. Il s'était déclaré préoccupé par les "abus" de certains prêtres franciscains du lieu qui exercent leur sacerdoce bien qu'ils aient été révoqués par le Vatican. L'évêque avait estimé que la venue du cardinal Schönborn pouvait être interprétée "comme un soutien à un grand nombre de nouvelles communautés et associations religieuses désobéissantes de Medjugorje, qui peuvent +lire+ dans la visite du cardinal un encouragement à leur désobéissance".
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Rappelons que l'évêché de Mostar a interdit en juin 2009 que ce lieu soit qualifié de « sanctuaire ». Les autorités diocésaines interdisent notamment aux Franciscains de diffuser les messages des prétendues visions et de les commenter.
Selon la réponse donnée en 1998 par la Congrégation pour la doctrine de la foi, présidée à l'époque par le cardinal Joseph Ratzinger, les pèlerinages officiels, notamment diocésains, ne sont pas autorisés, mais les pèlerinages privés encadrés par des prêtres sont permis, à condition qu’ils ne soient pas considérés comme une authentification d’événements en cours qui demandent un examen par l’Église.
En juillet 2009, un nouveau coup dur est porté à la reconnaissance officielle des apparitions de Medjugorje. Le prêtre franciscain Tomislav Vlasic, qui a été durant plusieurs années le directeur spirituel des six voyants de Medjugorje et qui a déjà fait l'objet d'une sanction en 2008, est réduit définitivement à l'état laïc par le pape Benoît XVI. Tomislav Vlasic est accusé d'« immoralité sexuelle » et de « manipulation des consciences ». De plus, il doit se soumettre à un certain nombre de restrictions sous peine d'excommunication (Nicolas Seneze, « Le prêtre accompagnateur des voyants de Medjugorje sanctionné par Rome », dans La Croix, 29 juillet 2009). Cette situation est en contradiction avec les déclarations qu'aurait tenues la Vierge, selon les voyants de Medjugorje, à propos du père Vlasic, tels que « Remerciez Tomislav [Vlasic], qui vous guide si bien ! » (message du 28 février 1982), « Tomislav [Vlasic] a bien commencé, qu'il continue ! Il est sur la bonne voie. » (septembre 1983) [Source : René Laurentin, Message et pédagogie de Marie à Medjugorje. Corpus chronologique des messages, FX de Guibert, 1990, p. 129 et 179]. Enfin, lui-même se présente comme « Celui qui, par la divine Providence, dirige les voyants de Medjugorje » (Lettre de Tomislav Vlasic à Jean-Paul II, 13 avril 1984).
La vie des voyants est un autre sujet d'interpellation au sein de l'Eglise. A l'inverse de Bernadette Soubirous ou Lúcia de Jesus dos Santos, aucun des voyants n'a choisi un état de vie religieux ou relativement modeste. Ils sont tous mariés et ont des enfants, Ivan Dragičević a notamment épousé une ancienne Miss Massachusetts. De plus, ils se sont considérablement enrichis grâce aux nombreuses conférences, produits dérivés et spectacles autour de Medjugorje.